La Segunda carta a Timoteo presenta dos temas fundamentales. El primero es una especie de "elogio del mártir cristiano", del cual Pablo se convierte en importante punto de referencia. El segundo, relacionado con el primero, intenta trazar un modelo de líder de la comunidad (pastor) bajo diferentes ángulos: personal, comunitario, social.
La carta presenta siete fragmentos del modelo de pastor o líder cristiano. Compone un cuadro armonioso, mostrando las principales características de ese liderazgo: reavivar el don, fortificarse, testimoniar, ser manso con todos, solidarizarse, permanecer firme y anunciar la Palabra, que es el objetivo principal y la razón de ser de su misión.